Podkładający głos Cookiemu Jim Varney zmarł przed ukończeniem filmu. Zdanie "I ain't so good at speechifying" wypowiadane na końcu produkcji, nie zdubbingował już Varney, a Steven Barr.
Pierwotnie głosem Whitmore'a miał przemówić Lloyd Bridges, niestety aktor zmarł krótko po rozpoczęciu produkcji filmu.
Josh Brolin, Ted Danson, Jack Davenport, Ed Harris, Tommy Lee Jones, Heath Ledger, Nathaniel Parker i Kurt Russell byli brani pod uwagę do użyczenia głosu komandorowi Lyle Tiberiusowi Rourke.
Keith David, Cedric the Entertainer, Mark Hamill i Fred Williamson byli rozważani do użyczenia głosu Joshui Strongbearowi Sweetowi.
Glenn Close, Nina Foch, Shirley Jones i Cloris Leachman były brane pod uwagę do użyczenia głosu Wilhelminie Berthcie Packard.
Jennifer Aniston i Angelina Jolie były rozważane do użyczenia głosu Kidagakash "Kidzie" Nedakh.
Tom Cruise, Mel Gibson, Tom Green, Bill Murray, Paul Sorvino i John Travolta byli rozważani do użyczenia głosu Vincenzowi Vinny'emu Santorini.
Julie Benz, Natasha Lyonne, Brittany Murphy i Elisabeth Shue były rozważane do użyczenia głosu Heldze Katrinie Sinclair.
Bernard Farcy, D.L. Hughley, John Leguizamo, Ben Miller, Michael Nicolosi i Chris Rock byli rozważani do użyczenia głosu Gaetanowi Molière'owi.
Tim Curry i Patrick Stewart byli brani pod uwagę do użyczenia głosu Kashekimowi Nedakhowi, królowi Atlantydy.
Na początku filmu, gdy Milo styka się z tablicą, na której narysowana jest mapa, jej część odbija się na jego bluzie. Następnie staje plecami do tablicy i ślady na bluzie idealnie pasują do brakującej części mapy, niemniej jednak na bluzie powinna ona się odbić odwrotnie.
Na początku filmu, gdy Milo wychodzi ze swej piwnicy bierze pod pachę wszystkie swoje mapy. Jednak w następnym ujęciu widzimy, że obiema rękami podnosi oprawione zdjęcie swego dziadka, a po mapach nie ma już żadnego śladu.
Gdy ekspedycja przybywa na wzgórze, skąd widać Atlantydę, widać że wszyscy stoją obok wielkiego pojazdu, którym tutaj przyjechali. Jednak w następnym szerokim ujęciu pokazującym naszych bohaterów, po maszynie nie ma już jakiegokolwiek śladu.
Początkowo, finałowa walka miała rozgrywać się tylko na wyspie. Twórcy zdecydowali jednak, aby była ona w powietrzu, co miało dodać jej dramatyczności.
Na cmentarzysku strzeżonym przez Lewiatana można dostrzec wraki statków z wielu filmów z wytwórni Disneya.
W bibliotece Whitmore'a można dostrzec posąg gargulca, identycznego jak ten z filmu "Dzwonnik z Notre Dame" z 1996 roku.
Król Atlantydy swym wyglądem bardzo przypomina czarnoksiężnika Yensida, ze starego filmu Disneya ? ?Fantazja? z 1940 roku.
To pierwszy film Disneya od czasu ?Taran i magiczny kocioł? z 1985 roku, który dostał od amerykańskich cenzorów oznaczenie PG, oznaczające, że dzieci mogą oglądać ten film w obecności dorosłego opiekuna.
Nazwisko jednej z postaci - Santorini ? to nawiązanie to nazwy antycznego wulkanu śródziemnomorskiego świata, który kiedyś kilka razy wybuchał z ogromną siłą, niszcząc antyczną cywilizację, co związane jest także z legendą o zniszczeniu Atlantydy.
Gdy Milo cierpi na chorobę morską i wymiotuje za burtę statku, wypowiada zdanie: "Marchewki? Dlaczego to zawsze muszą być marchewki? Nawet ich nie jem". Ten tekst nie widniał w scenariuszu, został zaimprowizowany przez Michaela J. Foxa, który ma alergię właśnie na marchewki.
Gdy Milo i Kida starają się uruchomić kryształem latający pojazd dziewczyna zdejmuje go z szyi i zasila maszynę. Nie nakłada z powrotem kryształu, niemniej w następnym ujęciu widać go na jej szyi. W kolejnych scenach kryształ ponownie znika z jej szyi, by się po chwili ponownie pojawić.
W drodze do Atlantydy widać, że Milo często przed czymś ucieka i nie ma ze sobą żadnych rzeczy. Jednak, gdy dociera do legendarnego miasta widać, że ma ze sobą zarówno swą książkę jak i tornister, których wcześniej nie było nigdzie widać.